NEBNext 多样本接头引物试剂盒 2（96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 3 （96 种 Unique 双端）

NEBNext 多样本接头引物试剂盒 4 （96 种 Unique 双端）

-20°C

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NEBNext 多样本接头引物试剂盒 1（96 种 Unique 双端）

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 ·提高连接效率

·极大降低接头二聚体

·增加文库产量 

·增加样品识别特异性 （双端检索）

·大量单端检索/可用检索 

·提供检索表和样本示例表

每个试剂盒都通过对基因组 DNA、ChIP DNA 和 mRNA 进行文库构建，并在 Illumina 平台测序进行验证。

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   Generate full (100%) coverage of all protein coding regions in BRCA1 and BRCA2 genes

   Obtain highly uniform sequencing across exon targets- 100% of base pairs in panel have coverage

       greater than 20% of the mean target coverage

   Maximize efficiency with a 1-day workflow that combines highly specific enrichment with library

      preparation

   Produce high depths of target coverage across a wide range of DNA input amounts for germline and

      somatic variant calling

The NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel enriches the complete exon content of BRCA1 and BRCA2

genes for next-generation se­quencing analysis. NEBNext Direct employs a unique hybridization-based

enrichment workflow that hybridizes baits directly to genomic DNA, without the need for upfront library

preparation. The BRCA1/BRCA2 panel demonstrates extremely high specificity and unmatched coverage

uniformity across a wide range of DNA inputs, allowing highly sensitive calling of germline and somatic

variants while maximizing sequencer efficiency.

Figure 1. NEBNext Direct Workflow.

NEBNext Sample Purification Beads
NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Baits
NEBNext Direct^® Bead Prep Buffer
NEBNext Direct^® Hybridization Buffer
NEBNext Direct^® dA-Tailing Buffer
NEBNext Direct^® Adaptor Ligation Buffer
NEBNext Direct^® Cleaving Buffer  
NEBNext Direct^® Hybridization Wash (HW) 
NEBNext Direct^® Bead Wash 1
NEBNext Direct^® Bead Wash 2 
NEBNext Direct^® 3´ Adaptor  
NEBNext Direct^® 5´ UMI Adaptor 
NEBNext Direct^® dA-Tailing Enzyme
NEBNext Direct^® Ligase  
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Cleaving Enzyme Mix 
NEBNext Direct^® Q5 Master Mix
NEBNext Direct^® FFPE Phosphorylation Enzyme
NEBNext Direct^® Streptavidin Beads 4
NEBNext Direct^® Hybridization Additive -20
NEBNext Direct^® 5´ Blunting Buffer 4
NEBNext Direct^® 3´ Blunting Enzyme Mix

• GRCh37hg19 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• GRCh38hg38 Bed Files for the NEBNext Direct® BRCA1/BRCA2 Panel
• Protocol for NEBNext Direct BRCA1/BRCA2 Panel (E6627)

   可比对到目标区域的 reads 比例更高

   所 有 区 域 均 可 得 到 均 一 的 测 序 结果，无论 GC 含量多少

   将富集和文库制备流程相结合，1 天即可完成

   能够从有限及降解的 DNA 样品中得到高质量的文库，包括 FFPE 及 ctDNA

   区分分子重复，降低假阳性突变并提高敏感度

 NEBNext Direct Cancer HotSpot Panel 采用了一种全新的靶向富集方法，使其能够高特异性的杂交捕获 50 个基因中的 190 个常见癌症靶点。NEBNext Direct 技术与传统的液相杂交及多重 PCR 方法相比有着明显的优势。靶向富集与文库制备相结合，减少了实验所需时间，同时将样本的损失降到最低。能够与自动化设备兼容的 NEBNext Direct 使得对难以成功的样本基因组中目标区域的深度测序成为可能，从而能够发现及鉴定样本中的罕见突变。

NEBNext Direct 采用了快速杂交实验流程，将捕获与文库构建相结合

目标区域包括以下癌症相关基因

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NEBNext 酶学转化法甲基化建库多样本接头引物（双端检索引物）

虽然重亚硫酸盐测序是研究 DNA 甲基化的金标准，但这种转化方式会对DNA 造成损伤，导致 DNA 断裂、丢失和 GC 偏嗜。NEBNext 酶学转化法甲基化建库试剂盒 (EM-seq^™) 提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理 DNA (WGBS) 的方法，并结合高效流程化的建库步骤，适用于 Illumina 平台测序。高效的 EM-Seq 酶促转化可最大程度地减少对DNA的损伤，结合提供的 NEBNext Ultra II 文库制备流程，最终产生的高质量文库可以从有限的测序数据中更灵敏的检测到 5-mC 和 5-hmC。

更卓越的 5-mC 和 5-hmC 检测灵敏度

更高的比对率

更均一的 GC 覆盖度

能从有限的测序数据检测到更多的 CpG 位点

更均一的二核苷酸分布

更长的文库插入片段

更高效的建库流程

提供转化模块

EM-Seq 能得到更高的文库产量。采用Covaris S2 仪器将 10 ng、50 ng 和 200 ng 不同起始量的人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。上述所有起始量，EM-Seq 都能使用更少的 PCR 循环得到更高的文库产量，表明 EM-Seq 显著减少了 WGBS 方法中的 DNA 损失。误差条表示标准差。

NEBNext 酶学转化法甲基化文库可获得更长的插入片段 。采用Covaris^® S2 仪器将 50 ng 人 NA12878 基因组 DNA 打断至 300 bp，同时作为 EM-Seq 和 WGBS 建库的起始样本。对于 WGBS 方法，使用 NEBNext Ultra II DNA 进行建库，随后采用 Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold^™ 试剂盒进行重亚硫酸盐转化。两个文库均使用 Illumina MiSeq (2 X 76 bases) 测序，片段大小采用 Picard 2.18.14 测定。图中绘制了每个插入片段出现的频率标准化后的数据，结果如图：EM-Seq 建库后的插入片段比 WGBS 方法得到的插入片段更长，说明：酶学转化法不会对 DNA 造成损伤，而重亚硫酸盐处理的 DNA 有严重损伤。

A: CpG 位点检测：通过分析 3.24 亿双端数据得到 EM-Seq 和 WGBS 文库的 CpG 位点覆盖度，其中每条链都独立计数，最终得到最多 5600 万个可能的 CpG 位点。结果显示：EM-Seq 在更低测序深度能检测到更多的 CpG 位点。

B: GC 覆盖度：使用 Picard 2.17.2 计算 GC 覆盖度，图中显示不同 GC 含量时 (0-100%)，标准化后覆盖度的分布情况。结果显示：EM-Seq 文库显著提高 GC 覆盖度的均一性，无 AT 过度测序，也无 GC 测序不足，后两项都是 WGBS 文库的典型缺陷。

图中显示了 EM-Seq 和 WGBS 两种方法在不同起始量，至少 1X 和 8X 测序深度下检测到的独有和共有的 CpG 位点。EM-Seq 在至少 1X 测序深度下比 WGBS 多检测到 20% 以上的 CpG 位点。而在至少 8X 测序深度下，CpG 位点覆盖度差异增加至 2 倍。