NEBNext® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 RNA）

·接头引物可用于 PCR-free 的文库扩增 

 ·  高效稳定的连接效率

 ·  更灵敏地检测低频单核苷酸变异（SNV）

 · 可支持更高通量

 用于 Illumina^® 平台的 NEBNext^® 多样本接头引物是 NEBNext^® 文库制备系列产品的重要组成部分，有多种不同的产品可用于 NEBNext^® 产品或其它标准的 Illumina^® 平台兼容的文库制备流程。该产品经设计和优化，适用于包括 PCR-free 在内的 DNA 测序流程。这些独特的双端检索引物接头还分别包含一段唯一的分子标签序列（UMI），以便识别和删除扩增文库中的 PCR 错误或重复。提供 96 个独特的、预混的含有 UMIs 的接头引物，包装在一个一次性的密封着可穿刺的铝箔封板膜 96 孔板中。PCR 扩增需要的通用引物也包含在内。

可提供适用于 RNA 测序的 NEBNext® Unique 双端 UMI 接头（NEB #E7416），也可提供单端、双端和 Unique 双端引物以及优化的接头。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可实现更高的连接效率。A）以 100 ng、250 ng 和 500 ng 的人 NA19240 基因组 DNA（Coriell Institute for Biomedical Research）为起始样本，使用 NEBNext^® Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒（NEB #E6177）和图中相应供应商提供的接头引物制备文库，不进行 PCR 扩增。连接后，使用 SPRIselect 磁珠进行两轮纯化，使用 NEBNext^® 文库定量试剂盒（NEB #E7630）对文库进行定量。B)以 100 ng NA19240 基因组 DNA 为起始样本，使用 Ultra II FS DNA 文库制备试剂盒在 96 孔板中制备 90 个文库，供应商提供的 30 个接头引物如图所示，不进行 PCR 扩增。两轮磁珠纯化后，进行 qPCR 定量。

NEBNext^® 多样本接头引物试剂盒 1（Unique 双端 UMI 接头，适用于 DNA）可更灵敏地检测低频变异。AcroMetrix 肿瘤 Hotspot Control DNA（Thermo Scientific^® #969056）作为突变 DNA 源（>500个突变，等位基因频率为 5-35%），以不同比例与 NA19240 基因组 DNA 混合，产生一系列不同的等位基因频率。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒（NEB #E7645）和 NEBNext^® Unique 双端 UMI 接头制备文库，并使用 Twist Bioscience^® 的 152 个基因的定制 panel 对所有样本进行多重杂交捕获。文库使用 Illumina NovaSeq^® 测序，Reads 被降采样至 1.1 亿，并使用 BWA MEM（0.7.17）比对至 hg38。在不使用 UMI 序列或构建 UMI 共有序列（Fgbio 0.8.1）的情况下，使用 MarkDuplicates（Picard 2.20.6）分析比对上的 reads。使用 Strelka2（2.9.10）从最终的 BAM 文件中分析体细胞突变。（A）当使用 UMIs 删除重复序列，所得的 SNV 总数和正确的数量都增加。（B）用 UMI 进行共有序列比较，能提高检测灵敏度。等位基因频率越低，UMIs 在 SNV 检测中的优势就越大。

NEBNext^® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）- 含 RNA 纯化磁珠

· 高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

 高丰度的核糖体 RNAs（rRNAs）占总 RNA 的 80-90%，进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册，去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距，能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA，针对广泛的起始量范围亦同样有效。

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg、100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，并使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS；小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

不同起始量情况下，样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时，能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）（A、B、C）和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit（A）从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA（RIN 2.3，100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值，误差条表示标准差。（B）和（C）使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）能从 FFPE（降解的）样本中高效去除 rRNA，并可灵活应用于低起始量，且在不同起始量情况下，去除后的转录表达相关性也保持一致。